请勿在无医嘱的情况下乱用药物，且药量需谨遵医嘱使用，不同宠物年龄、品种和体重对使用方法和剂量会有较大影响。
由于腹泻的病因多种多样，因此从治疗的角度来说，主要包括对症治疗和对因治疗。
如果患病动物存在休克、脱水、离子或酸碱紊乱，需要进行液体疗法。根据血气或电解质的化验结果，及时通过静脉补液方式，纠正低血钾、低血氯症、低血钠症或代谢性酸中*等。如果没有上述情况可以采用皮下补液方式。最常使用的液体是乳酸林格氏液或0.9%的氯化钠溶液。有些动物由于胶体渗透压低，或者难以用晶体液维持住血压，可能需要使用人工或天然胶体液。轻症的患病动物可任由其自行饮水达到口服补液的的目的。
饮食管理对于胃肠道疾病动物来说非常重要，建议采用刺激性小且容易消化的日粮。如果怀疑患病动物存在食物不耐受或食物过敏，需采用低过敏饮食，包括水解蛋白饮食或新奇蛋白饮食。如果患有胰腺炎、淋巴管扩张或胰腺外分泌功能不全时，建议采用低脂饮食。如果怀疑患病动物患有纤维素反应性肠病，则建议使用高纤维处方食物，这些粮食中添加了更多可溶性或不可溶性纤维，能够改善大肠性炎症。有些患病动物可能会出现厌食等情况，建议对厌食的动物采用鼻饲管、食道饲管或胃饲管的方式给予肠道营养。轻症的动物也可以尝试米氮平等食欲促进药物。
对于一些存在消化道溃疡的病例，可能需要使用到胃肠道保护剂，包括硫糖铝、法莫替丁或奥美拉唑等，用于增加粪便黏稠度和保护黏膜。
对于患有EPI的动物，需要在每一餐中添加消化酶补充剂。碱式碳酸铋、白陶土和果胶制剂是治疗腹泻常用的非处方药。柳氮磺胺吡啶适用于结肠炎的动物，但小肠炎症无效。
如果患病动物是炎性肠病，则治疗中可能需要使用到糖皮质激素如布地奈德或泼尼松龙，有些动物还可能需要其他免疫抑制剂（如硫唑嘌呤、苯丁酸氮芥和环孢素）。
抗生素用于有细菌感染风险的时候，如发热、败血症、肺炎、中性粒细胞减少症等，另外当怀疑存在抗生素反应性肠病时，也常使用甲硝唑或泰乐菌素。
益生菌或益生元对腹泻的效果是存在个体差异的。乳酸杆菌、双歧杆菌和肠球菌可用于犬，刺激肠道上皮的Toll样受体，从而改善病情。益生菌的数量和质量也可以影响使用效果。